В Константинополе, возле так называемых «Золотых ворот», была роща, посвященная Пресвятой Богородице. Там был источник, издавна известный чудесами. Но со временем земля у источника заросла, а сам источник превратился в болото. И однажды будущий император, воин Лев Маркелл, встретил здесь слепого странника, сбившегося с пути. Лев помог ему выйти на дорогу, устроиться в тени для отдыха, а сам пошел искать воду для утомленного путника. Но неожиданно услышал голос: «Лев! Не ищи воды далеко, она здесь близко». Удивленный голосом, он стал искать воду, но не нашел. Когда же остановился в печали и задумчивости, вторично раздался тот же голос: «Царь Лев! Пойди под сень этой рощи, почерпни воды, которую там найдешь, и напои ею жаждущего, тину же, которую найдешь в источнике, положи на его глаза. Потом ты узнаешь, кто Я, освящающая это место. Я помогу тебе вскоре воздвигнуть здесь во имя Мое храм, и все, приходящие сюда с верою и призывающие Мое имя, получат исполнение своих молитв и полное исцеление от недугов». Когда Лев исполнил все, что велел ему голос, слепой прозрел и без проводника пошел в Константинополь. Это чудо произошло при императоре Маркиане (391—457). Когда Лев стал императором, он приказал очистить источник и заключить в каменный круг, над которым был построен храм в честь Пресвятой Богородицы. Император Лев Премудрый назвал этот родник «Живоносным Источником», так как в нем проявилась чудодействующая благодать Божией Матери.
Храм возле источника воздвиг император Юстиниан Великий (527—565), который был человеком глубоко православным. Он долго страдал водяной болезнью. Однажды ночью он услышал голос: «Ты не можешь вернуть себе здоровья, если не напьешься из Моего источника». Царь не знал, о каком источнике говорит голос, и тогда явилась ему Богородица и сказала: «Встань, царь, иди на Мой источник, выпей из него воды и будешь, как прежде, здоров». Юстиниан так и сделал и выздоровел. В благодарность за исцеление император воздвиг около храма, устроенного Львом, великолепный храм, при котором позднее вырос монастырь.
В XV столетии известный храм «Живоносного источника» был разрушен мусульманами. К развалинам храма приставили стражника-турка, который не позволял подходить к этому месту. Постепенно строгость запрета смягчилась, и христиане поставили там небольшую церковь. Но и она в 1821 году была разрушена, а источник засыпан. Христиане вновь очистили развалины, открыли источник и по-прежнему черпали из него воду. Султану Баязиду это надоело и он лично решил осквернить источник Богородицы, для чего бросил в священную воду полусгнивших золотых рыбок, которые погибли у него в бассейне. К своему ужасу он стал свидетелем чуда: рыбки ожили в воде! Потрясенный султан в 1830 году разрешил христианам вновь пользоваться Живоносным Источником и даже выделил деньги на строительство храма. Впоследствии в одном окне среди обломков был найден полусгнивший от времени и сырости лист с записью десяти чудес от Живоносного Источника, совершившихся с 1824 по 1829 годы. Так, например, описан и случай воскрешения мертвого. Один тяжело больной человек по имени Феттал приплыл сюда на корабле из города Фессалии специально, чтобы молиться об исцелении, но умер по пути к источнику. Однако перед смертью он завещал своим спутникам отнести его тело в храм при Живоносном Источнике и троекратно облить его водой из источника, а затем уже погребать. Когда же стали возливать воду из чудотворного источника на умершего, он ожил и затем остался до конца своих дней иноком в обители при храме. Его гроб был найден в 1830 г. при раскопках для восстановления древней церкви, которая была разрушена до основания турками при взятии Константинополя в XV веке.
При султане Махмуде православные получили некоторую свободу в совершении богослужения. Они воспользовались ею, чтобы в третий раз воздвигнуть храм над Живоносным источником. В 1835 году с великим торжеством Патриарх Константин в сослужении 20 архиереев и при большом количестве богомольцев освятил храм; при храме устроили больницу и богадельню. Постепенно вокруг храма Живоносного Источника образовался монастырь, а местность получила название – Балыклы, что в переводе с турецкого означает «красная рыбка». Есть народное предание, что рыбы, водившиеся когда-то в купели Живоносного Источника, были необычно красного цвета.
В Синаксаре также описывается чудо явления Матери Божией для спасения молящихся в храме от землетрясения. Царица Небесная как бы поддерживала храм, пока все люди из него не вышли, и таким образом никто не пострадал.
На Руси икона была известна и почиталась с давних времен. Начиная с XVI века, утвердился обычай посвящать источники, находящиеся в монастырях, иконе Божией Матери «Живоносный Источник».